Chania utiliza una única terminal, más pequeña y de aspecto moderno, por la que es muy fácil desplazarse. Las distancias a los aviones son cortas, espere grandes aglomeraciones en la temporada de verano en una zona relativamente pequeña.
La facturación para los vuelos de entrada y salida del espacio Schengen se realiza en un vestíbulo común. La distribución tiene lugar tras el control de seguridad común, con algunas puertas tras el control de pasaportes, mientras que otras no lo están.
Las salas de salidas y llegadas están en la planta baja.
El aeropuerto cierra entre la última y la primera llegada, normalmente el horario de apertura es de 4:00 a 0:00.
