El aeropuerto, que lleva oficialmente el nombre de Nikos Kazantzakis, es el más grande de Creta. Durante la temporada de verano, acoge numerosos vuelos chárter; el resto del año, recibe principalmente vuelos procedentes de Atenas y otras ciudades griegas.

A primera vista, el aeropuerto de Heraclión parece bastante anticuado y sus instalaciones ya no se adaptan realmente a las operaciones modernas.

En 2017 se tomó la decisión definitiva de construir un nuevo y moderno aeropuerto; la fecha de finalización se ha pospuesto en repetidas ocasiones y, actualmente, se prevé que entre en funcionamiento a finales de 2026 o principios de 2027.

Para viajar al oeste de Creta, el aeropuerto de La Canea es una alternativa viable.

De abril a octubre, el aeropuerto acoge a numerosas aerolíneas de toda Europa, con vuelos tanto regulares como chárter con destino a todos los rincones del continente.

La red de rutas más amplia desde Heraclión la operan las siguientes aerolíneas:

• Aegean Airlines: conexiones durante todo el año varias veces al día a Atenas + vuelos directos de temporada en verano a toda Europa
• Sky Express: servicios durante todo el año a Atenas, Tesalónica y otras islas griegas, además de vuelos directos de temporada a toda Europa durante el verano
• Jet2.com: los servicios más frecuentes a numerosas ciudades británicas
• Eurowings: vuelos a numerosas ciudades alemanas
• Volotea: vuelos directos a Atenas, Italia y Francia
• TUI: amplias conexiones con el Reino Unido, los Países Bajos, Bélgica y Alemania
• easyJet: vuelos a varias ciudades del Reino Unido, Francia y Suiza
• Wizz Air: vuelos regulares a Europa del Este
• Ryanair: un número relativamente limitado de vuelos en comparación con otras compañías, por ejemplo, a Bérgamo, Viena, Berlín o Bruselas