El aeropuerto de Yakarta opera en tres terminales:
- Terminal1 : sólo gestiona vuelos nacionales de Citilik, Batik Air, Transnusa y algunos vuelos de Lion Air,
- Terminal 2: gestiona los vuelos internacionales de Air Asia, Asiana Airlines, Batik Air, Cathay Pacific, Cebu Pacific, Etihad, EVA Air, Malaysia Airlines, Malindo Air, Philippine Airlines, Qantas, Qatar, Royal Brunei, SriLankan y Turkish Airlines, así como los vuelos nacionales de Air Asia, Nam Air, Sriwijaya Air y algunos vuelos de Lion Air,
- Terminal 3: gestiona todos los vuelos de Garuda (nacionales e internacionales) + vuelos internacionales sólo de Air China, ANA, China Airlines, China Southern Airlines, Citilink, Emirates, Ethiopian Airlines, Japan Airlines, Jetstar, KLM, Korean Air, Oman Air, Saudia, Scoot, Singapore Airlines, THAI, Vietnam Airlines y Xiamen Air.
Un autobús gratuito y un tren automático circulan entre las terminales con intervalos de unos 10 minutos.
Como lo más probable es que haga conexión entre dos vuelos no consecutivos, se recomienda dejar un mínimo de 3 horas para los vuelos de conexión.